1. พาณิชย์อิเล็กทรอนิกส์ประเภทธุรกิจกับธุรกิจ (Business-to-Business หรือ B2B) หมายถึง การซื้อขายระหว่างผู้ผลิตด้วยกัน เช่น ผู้ผลิตรถยนต์สั่งซื้อวัตถุดิบจากโรงงานที่เป็นSupplier หรือ ร้านค้าปลีกสั่งซื้อสินค้ากับบริษัทผู้ผลิตสินค้า เมื่อสต็อกสินค้าลดลงถึงระดับหนึ่ง ผ่านระบบ EDI  โดยส่วนใหญ่ผู้ซื้อและผู้ขายมักจะรู้จักกันล่วงหน้า และอาจทำเอกสารสัญญาที่เป็นกระดาษกันล่วงหน้า ดังนั้นความเสี่ยงที่เกิดจากการซื้อขายจะต่ำ

     2. พาณิชย์อิเล็กทรอนิกส์ประเภทธุรกิจกับบริโภค(Business-to-Consumer หรือ B2C)หมายถึง การที่ธุรกิจขายสินค้าหรือบริการโดยตรงให้กับผู้บริโภค ช่องทางนี้เป็นช่องทางที่ผู้ผลิตขนาดกลางและขนาดเล็กสามารถฉกฉวยเป็นโอกาสในการต่อสู้กับบริษัทขนาดใหญ่ได้

     3. พาณิชย์อิเล็กทรอนิกส์ประเภทผู้บริโภคกับผู้บริโภค (Consumer-to-Consumer หรือC2C) เป็นการค้าระหว่างบุคคลกับบุคคล หรือระหว่างผู้ใช้เครือข่ายอินเทอร์เน็ตด้วยกันเอง

ข้อจำกัดของ  E-commerce 

1.ข้อจำกัดด้านเทคนิค

-ขาดมาตรฐานสากลที่เป็นที่ยอมรับในด้านคุณภาพ ความปลอดภัย และความน่าเชื่อถือ

-ความกว้างของช่องทางการสื่อสารมีจำกัด

ซอร์ฟแวร์ยังกำลังอยู่ระหว่างการพัฒนา

-ปัญหาความเข้ากันได้ระหว่าง Internet และซอร์ฟแวร์ของ E-commerce กับแอพพลิเคชั่น

-ต้องการ Web Server และ Network Server ที่ออกแบบมาเป็นพิเศษ

-การเข้าถึงอินเตอร์เน็ตยังมีราคาแพงและไม่สะดวก    

ข้อจำกัดด้านกฎหมาย                                                                                                                 

-กฎหมายที่สามารถคุ้มครองการทำธุรกรรมข้ามรัฐหรือข้ามประเทศ ไม่มีมาตรฐานที่เหมือนกัน และลักษณะที่แตกต่างกัน

-การใช้เอกสารอิเล็กทรอนิกส์ หรือลายมือชื่ออิเล็กทรอนิกส์จะมีผลทางกฎหมายหรือไม่

-ปัญหาเกิดจากการทำธุรกรรม เช่น การส่งสินค้ามีลักษณะแตกต่างจากที่โฆษณาบนอินเทอร์เน็ต จะมีการเรียกร้องค่าเสียหายได้หรือไม่

2.ข้อจำกัดด้านธุรกิจ

-วงจรผลิตภัณฑ์ (Product Life Cycle) จะสั้นลง เพราะการเข้าถึงข้อมูลทำได้ง่ายและรวดเร็ว การลอกเลียนผลิตภัณฑ์จึงทำได้รวดเร็ว เกิดคู่แข่งเข้ามาในตลาดได้ง่าย จะต้องมีการสร้างสรรค์ผลิตภัณฑ์ใหม่ ๆ เสมอ

-ความพร้อมของภูมิภาคต่าง ๆในการปรับโครงสร้างเพื่อรองรับการเจริญเติบโตของ E-Commerce มีไม่เท่ากัน

-ภาษีและค่าธรรมเนียม จาก E-Commerce จัดเก็บได้ยาก ยังไม่มีกฎหมายคุ้มครอง

3.ข้อจำกัดอื่นๆ

-การให้ข้อมูลที่เป็นเท็จบนอินเตอร์เน็ต มีมาก และมีการขยายตัวเร็วมากกว่าการพัฒนาของอินเตอร์เน็ตเสียอีก

-สิทธิส่วนบุคคล (Privacy) ระบบการจ่ายเงิน หรือการให้ข้อมูลของลูกค้าทางอินเตอร์เน็ตทำให้ผู้ขายทราบว่าผู้ซื้อเป็นใคร และสามารถใช้ซอร์ฟแวร์ติดตามกิจกรรมต่าง ๆ หรือส่ง Spam ไปรบกวนได้

-E-Commerce เหมาะกับระบบเศรษฐกิจที่สามารถเชื่อถือและไว้ใจได้ทั้งผู้ซื้อและผู้ขาย รวมทั้งหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง